FC Heliosel on kokku 15 treeninggruppi. Suurem osa nendest on noortegrupid, millele lisandub esindusmeeskond. Samuti toimuvad lisaks jalgpalli trennidele ka väravavahtide ning jõusaali ja EKE trennid.
Treeningud toimuvad Tartu linnas ja Kõrveküla.
Lisaks sellele on Tartu FC Helios aktiivne ka lasteaia gruppides.
